Η Ίδρυση του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ιστορικά, έχει τις ρίζες της στα 1919, όταν, ο καθηγητής του Πανεπιστημίου του Βερολίνου, Κωνσταντίνος Καραθεοδωρή, προτείνει την ίδρυση νέου Πανεπιστημίου του Ιωνικού Πανεπιστημίου
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου ιδρύθηκε με το ΠΔ 83 «Περί ίδρυσης του Πανεπιστημίου Αιγαίου» σαν σήμερα πριν 30 χρόνια και αποτελεί συνέχεια του οράματος του Κωνσταντίνου Καραθεοδωρή. Οι πρώτοι φοιτητές του Πανεπιστημίου έφτασαν στη Χίο το Σεπτέμβριο του 1985. Σήμερα το Πανεπιστήμιο Αιγαίου έχει περίπου 14,000 φοιτητές σε έξι πανεπιστημιακές μονάδες, σε 5 Σχολές και 16 Τμήματα και περισσότερο από 700 άτομα προσωπικό, δημιουργώντας έτσι μια νέα πραγματικότητα στην εκπαίδευση, την έρευνα και την δικτύωση μεταξύ των νησιωτικών κοινωνιών.
Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου σε σχετική ανακοίνωση σημειώνει ότι το ίδρυμα βίωσε με δραματικό τρόπο την κρίση που διέρχεται η χώρα, επιδεικνύοντας όμως αξιοσημείωτη ανθεκτικότητα που οφείλεται τόσο στην εγρήγορση της πανεπιστημιακής κοινότητας όσο και στους στενούς δεσμούς που έχει καλλιεργήσει με τις τοπικές κοινωνίες. «Σήμερα το Πανεπιστήμιο Αιγαίου οφείλει να διαμορφώσει μια στρατηγική βιώσιμης ανάπτυξης. Να προωθήσει στόχους που ωθούν την μεταρρύθμιση δομών, σχέσεων, συμπεριφορών, που προάγουν την ποιότητα εκπαιδευτικών υπηρεσιών, την έρευνα και την καινοτομία, που βοηθούν την ανάπτυξη εσωτερικών συνεργειών και εξωτερικών επιστημονικών συνεργασιών, που συμβάλουν στην εξωστρέφεια και προωθούν την ποιοτική εξύψωση του Πανεπιστημίου» καταλήγει η ανακοίνωση του Συμβουλίου του Πανεπιστημίου Αιγαίου.
Ο Οικολογικός Άνεμος στο μήνυμά του για τη σημερινή ημέρα μεταξύ άλλων αναφέρει τον αναπτυξιακό ρόλο του Πανεπιστημίου στο Αρχιπέλαγος και τη συμβολή του στην οικονομική, πολιτιστική και πνευματική ανάπτυξη των νησιών μας, αλλά και τη συνεισφορά του με νέα μυαλά και επιστημονική γνώση. «Στις δύσκολες στιγμές που περνάνε όλα τα πανεπιστήμια της χώρας, απαιτείται στήριξη του Πανεπιστημίου Αιγαίου από όλους. Απαιτούνται πρωτοβουλίες από την Περιφερειακή διοίκηση για την εκμετάλλευση του ερευνητικού ανθρώπινου δυναμικού, που προσφέρεται από το Πανεπιστήμιο και κοινές προσπάθειες έτσι ώστε το Πανεπιστήμιο να έχει πραγματικό και αυξημένο ρόλο στα κρίσιμα ζητήματα του τόπου, όπως για παράδειγμα η σχεδιαζόμενη εκτός κλίμακας επένδυση στις ανεμογεννήτριες» αναφέρεται στην ανακοίνωση του Οικολογικού Ανέμου που σημειώνει την ανάγκη επίλυσης του στεγαστικού ζητήματος των τμημάτων της Χίου.